Ὁ χρήστης μπορεῖ νὰ ἐπιλέξει ἀνάμεσα σὲ δύο τρόπους ἐπίσκεψης. Συγκεκριμένα :
1. Ὁ πρῶτος, ποὺ εἶναι καὶ ὁ βασικὸς δρόμος πλοήγησης στὸ εἰκονογραφικὸ ὑλικὸ τοῦ Μουσείου, γίνεται ἐπιλέγοντας τὶς εἰκόνες τῶν δύο εἰκονογραφικῶν τύπων τοῦ θέματος. Ὅταν ὁ κέρσορας περνάει πάνω ἀπὸ τὸν τίτλο τῆς σελίδας, ἐμφανίζεται ἕνα σύντομο ἐπεξηγηματικὸ κείμενο γιὰ τοὺς εἰκονογραφικοὺς αὐτοὺς τύπους. Ὁ ἐπισκέπτης ἔχει ἐπίσης τὴ δυνατότητα νὰ διαβάσει τὰ κείμενα τῶν βασικῶν ἁγιογραφικῶν πηγῶν τοῦ θέματος, δηλαδή, τοῦ κατὰ Λουκᾶ Εὐαγγελίου καὶ τοῦ Πρωτευαγγελίου τοῦ Ἰακώβου.
2. Ὁ δεύτερος, ποὺ εἶναι καὶ ὁ κύριος ἐναλλακτικὸς τρόπος ἐπίσκεψης. Ὁ χρήστης ἔχει τὴν δυνατότητα πλοήγησης μέσῳ ἄλλων κριτηρίων ἐπιλογῆς. Συγκεκριμένα: τὸν τόπο φύλαξης τῶν κειμηλίων, τὴν χρονολογία δημιουργίας τους, τὸ εἰκονογραφικό τους περιβάλλον, καθὼς καὶ τὴ μελέτη τους ὡς πρὸς τὴν περιγραφή, τὴν αἰσθητική, τὴ διαγνωστικὴ μελέτη καὶ τὴν ἑρμηνεία.
Στὴν ἴδια ὀθόνη ὁ χρήστης θὰ βρεῖ τρία σημαντικὰ κειμήλια, στὰ ὁποῖα πραγματοποιήθηκε πλήρης μελέτη, μὲ ταυτόχρονη παρουσίαση κειμένων καὶ εἰκόνων.
Ὁ κατάλογος ἐπιλογῶν ἐπιτρέπει τὴν πρόσβαση στὸ βοηθητικὸ ὑλικὸ τοῦ εἰκονικοῦ μουσείου. Ἀναλυτικότερα αὐτὸ εἶναι:
Βιβλιοθήκη
Περιέχει κείμενα ἁγιογραφικά, λειτουργικά, πατερικά, καὶ σχόλια τόσο εἰκονογραφικὰ ὅσο καὶ θεολογικά.
Γλωσσάρι
Διευκρινίζονται ἐδῶ ὅροι σχετικοὶ μὲ τὴν εἰκονογραφία, τὰ ὑλικὰ ζωγραφικῆς καὶ τὶς μεθοδολογίες διάγνωσης.
Ἀναζήτηση
Ὁ ἐπισκέπτης ἔχει τὴ δυνατότητα σύνθετης ἀναζήτησης μὲ συνδυασμὸ τῶν κριτηρίων ἐπιλογῆς ἀπὸ λίστες ποὺ τοῦ παρέχει τὸ ἴδιο τὸ σύστημα.
Διάγραμμα
Τὸ «Διάγραμμα» εἶναι μία σχηματικὴ ἀναπαράσταση τῆς δομῆς ὁλόκληρου τοῦ εἰκονικοῦ μουσείου. Κατὰ τὴ διάρκεια τῆς πλοήγησης ὁ ἐπισκέπτης μπορεῖ νὰ ἐντοπίσει τὸ ἀκριβὲς σημεῖο τῆς ὀθόνης στὴν ὁποία βρίσκεται καί, ἐὰν ἐπιθυμεῖ, μπορεῖ νὰ μεταπηδήσει σὲ ἄλλη σελίδα, ἐπιλέγοντας τὴν ἀντίστοιχη θέση στὸ διάγραμμα.